Dziś oczywiście kościół św. Jakuba i Agnieszki wygląda inaczej niż w czasach kiedy powstawał. Zasadniczo bryła kościoła się nie zmieniła, jednak niestety nie możemy tego powiedzieć o wnętrzu. Z dawnego średniowiecznego wyposażenia nie zachowało się wiele, między innymi: tryptyk oraz rzeźna św. Anny. Dodatkowo przetrwała także chrzcielnica oraz jedno skrzydło dawnego ołtarza głównego. Wprawne oko na wysokości 27 metrów dostrzeże ludzkie głowy.

Wnętrza gotyckich kościołów były majestatyczne. Pełne kolorów, rzeźb, obrazów, a wysokie okna wypełniały wielobarwne witraże. W nyskim kościele sklepienie naw dźwigają 24 filary. Samo sklepienie nawy głównej zostało niestety przebudowane w XIX wieku. Pierwotnie było to gęste sklepienie sieciowe, obecnie jest to stosunkowo proste rozwiązanie krzyżowo-żebrowe.

W tzw. zwornikach, bliżej prezbiterium dostrzec można ludzkie głowy. Ten element zachował się stosunkowo dobrze, a na niektórych wciąż widać ślady polichromii.

Również w bocznej nawie południowej, bliżej prezbiterium możemy dostrzec kilka bardzo ciekawych przedstawień: