Do bazyliki trafiły relikwie bł. ks. Jerzego Popiełuszki, patrona NSZZ „Solidarność”. Relikwiarz trafił do jednej z bocznych kaplic.

Już w średniowieczu biskupi wrocławscy snuli plany, aby kościół św. Jakuba i Agnieszki w Nysie stał się centrum pielgrzymkowym. W XXI wieku ruch pielgrzymkowy generowała przede wszystkim błogosławiona Maria Merkert. Nowe relikwie  przywiozła do Nysy delegacja Oddziału Zarządu Regionu NSZZ „Solidarność” Śląska Opolskiego w Nysie.

Relikwie kapelana Solidarności obecnie znajdują się przy kracie kaplicy św. Anny. Jest to jedna ze średniowiecznych kaplic, która praktycznie została wypalona w 1945 roku, dlatego też dziś próżno szukać w niej zabytkowych ołtarzy czy ław. Przetrwały z kolei barokowe epitafia.

Pierwsze poważne powojenne zmiany zaszły w tym miejscu w latach 80.

W okresie stanu wojennego ludzie Solidarności urządzili w niej miejsce pamięci, artysta malarz Stanisław Białgorowicz wykonał potężny krzyż, składający się z pięciu obrazów, malowanych na płótnie. W centralnym punkcie kompozycji przedstawiona jest twarz Chrystusa, na jego ramionach stylizowane twarze ks. Jerzego Popiełuszki i św. Maksymiliana Kolbe.

ksiądz Mikołaj Mróz proboszcz parafii św. Jakuba i Agnieszki (do 2021 roku)